Pada zaman dahulu, sebelum bernama Desa Gondowido, wilayah ini dinamakan Desa Dawuk. Menurut penuturan para sesepuh desa, nama tersebut berawal dari sebuah peristiwa ajaib, yaitu munculnya seekor kuda tiban berbulu kecoklatan (dawuk) beserta kandangnya di desa tersebut. Keberadaan kuda beserta kandangnya berlangsung selama 35 hari (selapan dino) sebelum kemudian menghilang secara misterius tanpa jejak. Sejak peristiwa gaib tersebut, masyarakat menamai wilayah ini sebagai Desa Dawuk.

Seiring berjalannya waktu, wilayah permukiman semakin berkembang pesat. Pada awal abad XVIII, terjadi peristiwa menggemparkan di mana tercium aroma wangi harum yang sangat semerbak menyebar ke seluruh penjuru desa. Meskipun dicari sumbernya, wujud asalnya tidak pernah ditemukan. Masyarakat kala itu menyebutnya sebagai fenomena aroma/ganda mistis. Dari peristiwa itulah masyarakat sepakat mengganti nama desa menjadi Gondowido, yang berakar dari kata Gondo (Bau/Aroma Harum) dan Wido.

Pada masa lampau, wilayah Desa Gondowido dan Desa Talun merupakan satu kesatuan pemerintahan yang dipimpin oleh Bapak Sodikromo. Demi meningkatkan efektivitas pelayanan, pemerataan pembangunan, dan kemudahan pengaturan tata kelola pemerintahan desa di kawasan lereng, wilayah tersebut kemudian dimekarkan secara sah menjadi 2 desa otonom: Desa Gondowido dan Desa Talun, yang masing-masing menjalankan roda pemerintahan sendiri secara mandiri dan harmonis hingga saat ini.